巴彦淖尔市水科所是集水利科研、水土环境监测、水处理技术服务于一体的综合性研究机构。自1974年建所以来，除了承担部分基础研究项目外，大部分技术人员长期从事应用科学的研究，解决了众多的农、林、牧、水攻关课题和技术难题，特别是盐碱地改良与综合治理、土壤水盐监测、作物灌溉制度、节水灌溉技术、土地开发利用评估等方面取得了大量的科研成果。先后完成科研项目60多项，承担了自治区“六五”至“十五”重点农业科技攻关项目，其中获国家科技进步三等奖1项，自治区科技进步奖8项。对灌区的土壤水盐运动规律在不同时期均有过细致完整的研究，积累了大量的实测资料，逐步应用在生产实践中。
    在水处理技术方面，有一支具有专业知识和实践经验的研究队伍，在该领域取得了丰硕的成果，并有经过自治区计量认证的水土环境检测中心，具备水处理研究中试条件。所内现有高级工程师8名，在职工程师21名，中高级技术人员占全所总人数的48％，有完善的试验场地2个，可供试验的土地有360亩，具有较强的研发实力。
    所内设有水土化验分析中心。其中化验分析室可分析土壤养分、水质全分析、土壤可溶盐三大项，单项分析48项。室内除配有常规化验设备外，还拥有国内较先进的原子分光光度计等设备；室内试验室可分析测定土壤力学性质、土壤水分物理性质、建筑材料强度测定三大类共17项。室内配有200吨压力机、三轴仪、渗透仪等几十种设备，能满足灌区内水工建筑、水土改良有关参数的测定，同时承担着临河水校相关专业学生的实习任务。拥有大型仪器设备500台件。所有这些为开展试验研究奠定了良好的基础。
    巴彦淖尔市水利科学研究所在盐碱地改良、综合治理，节水灌溉技术，土地开发利用评价，水处理技术等方面取得了丰硕的成果。获国家、自治区、巴盟科技进步奖20多项，获奖38人次，有3名具有突出贡献的科技人员享受政府特殊津贴。多项科研成果在生产实践中产生了显著的经济效益、生态效益和社会效益。
    长胜试验站科研基地，先后承担完成了内蒙古自治区“六五”、“七五”、“八五”、“九五”、“十五”期间的农业攻关研究项目，并取得重要研究成果，锻炼培养了一批从事科研、开发和中试推广队伍。巴彦淖尔市水利科学研究所拥有300亩土地，经过“六五”到“十五”几个五年计划攻关项目的改造，田间工程已达到了渠、沟、路、林、电、井、田7配套。试验站设有水土化验分析室，土壤水分物理分析室，气象观测场，办公、宿舍、农机具等基础设施，推广辐射能力较强。
巴彦淖尔市水利科学研究所先后承担完成了：
    内蒙河套灌区灌溉农业土壤冻融期水盐运动规律试验研究（1983—1988）；
    河套灌区世行贷款项目配套区土壤水盐监测（1990—1996）；
    临河八一综实区河套灌区农牧业稳定增产综合技术体系研究水利课题（1990—1994）；
    国家自然科学基金资助项目，土壤水盐空间变异应用理论研究与预测（1993—1995）；
    条件模拟理论在农田水盐时空变异分析与检测中应用（1998—2000）的田间试验部分；
    中以国际合作项目，用PAM及波涌技术优化地表灌溉控制地下水并减少盐碱化（1999—2001）田间试验。
单位职工总数91人，大专以上34人。主要管理人员（含领导）15人，其中大学本科8人，大专7人，中专3人；年龄结构31－40岁5人，41－50岁8人，51－55岁2人。研究开发（推广）人员42人，占职工总数46％。
    单位实行科研与经济创收一体化管理，以科、室、站为单元，对内行使原职能，对外进行科技有偿服务和经济创收。人员推行竞争上岗，根据岗位职责、任务、经济指标完成情况进行达标考核，将岗位达标结果列入个人工资风险，使职能、指标、奖罚明确。科研项目管理实行项目负责人制，执行责任目标管理，按签订的项目合同书及审批的年度实施计划执行，定期进行考核。